Địa bàn xã Long Trị A trước đây là một phần xã Long Trị.

Ngày 15 tháng 9 năm 1981, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 70-HĐBT[5]. Theo đó, chia xã Long Trị thành hai xã Long Trị và Long Tân. Xã Long Tân có địa giới hành chính tương ứng với xã Long Trị A ngày nay.

Ngày 28 tháng 1 năm 1991, toàn bộ diện tích và dân số của xã Long Tân được sáp nhập trở lại xã Long Trị.[6]

Ngày 24 tháng 8 năm 2009, Chính phủ ban hành Nghị quyết 37/NQ-CP[1]. Theo đó, thành lập xã Long Trị A trên cơ sở điều chỉnh 2.041,43 ha diện tích tự nhiên và 10.965 người của xã Long Trị.

Từ ngày 15 tháng 5 năm 2015, xã Long Trị A trực thuộc thị xã Long Mỹ.[4]